АО «ГМСК «Заполярье» организовано в соответствии с Постановлением Главы Администрации Ямало-Ненецкого автономного округа № 142 от 06.07.93г.

Учредителями компании выступили: Комитет по управлению государственным имуществом Ямало-Ненецкого автономного округа, Комитет по управлению муниципальным имуществом г. Салехарда, Комитет по управлению муниципальным имуществом г. Лабытнанги.

8 декабря 1993 г. состоялось учредительное собрание, на котором было утверждено наименование компании, Устав, юридический адрес, назначен генеральный директор. В январе 1994г. подготовлены и направлены на государственную регистрацию учредительные документы акционерного общества. Государственная регистрация вновь созданного акционерного общества произведена в феврале 1994г. Постановлением Главы Администрации г. Салехарда № 41, в связи с чем отделом по организации предпринимательской деятельности выдано свидетельство под № 67662 АО.

22 ноября 2005г. Федеральной службой России по надзору за страховой деятельностью компании выдана новая лицензия (рег. С №1947 89).
20 ноября 2015г. Центральным банком Российской Федерации выданы новые лицензии в замен вышеуказанной лицензии на обязательное медицинское страхование (рег. ОС №1947 - 01) и добровольное личное страхование, за исключением добровольного страхования жизни (рег. СЛ № 1947).
В настоящий момент главным акционером компании является акционерное общество «Управляющая медицинская компания «Нордмедком», которое, в свою очередь, на 100% принадлежит Ямало-Ненецкому автономному округу в лице департамента имущественных отношений ЯНАО.

Уставный капитал компании на настоящий момент составляет 128 063 500 (сто двадцать восемь миллионов шестьдесят три тысячи пятьсот) рублей 00 копеек, что отвечает требованиям Федеральной службы страхового надзора РФ.

Компания действует на территории г. Салехарда, г. Лабытнанги, Ямальского района, Шурышкарского района, Приуральского района,  городов Ноябрьска, Губкинский, Муравленко, Надым.

Центральный офис компании занимает здание площадью около 300 кв.метров. Имеется гаражный комплекс, автотранспорт.

В компании используются и постоянно совершенствуются новейшие компьютерные технологии и программные продукты, что позволяет  значительно увеличить  скорость документооборота, архивировать документы, вести различные виды учёта в электронном виде, обеспечивать обмен информацией внутри компании.

Общее число застрахованных на 01.05.2017 г. составляет 205 тысяч человек.